1891 година
Само три години след създаването на Софийския университет са сформирани катедрите по ботаника (1891) и зоология (1897). За десет години броят на катедрите се удвоява и те осъществяват обучение на студенти в рамките на Физико-математическия факултет, в специалността Естествена история. През 1944 г. специалността се разделя на две – Биология и Геология. През 1951 г. е създаден Биолого-геолого-географският факултет. Основава се и Катедрата по хидробиология и рибарство.
Първоначално Биологическият факултет е разположен в една от най-старите сгради на Университета на ул. Московска 49, построена през 1883 г., където е поставено началото на висшето образование в България. Нарастващият интерес към природните науки налага увеличаване броя на студентите и на щатния преподавателски персонал, което изисква преместване в по-голяма сграда, с възможности за по-мащабно разгръщане на учебната и научната дейност.

1963 година
70 години след началото на обучението по биологически науки в Софийския университет Биологическият факултет се обособява като самостоятелна структура. В началото на 60-те години на миналия век биологическите науки претърпяват бурно развитие, което обуславя необходимостта от въвеждане на нови дисциплини, респективно подготовка на нов тип кадри. Това налага разкриването на катедри, които да покрият основните направления в биологията, и такива са създадени както следва:

1963 г. Обща и промишлена микробиология Физиология на животните и човека
1965 г. Биохимия
1972 г. Биофизика и радиобиология
1973 г. Физиология на растенията
1974 г. Генетика, Екология и опазване на околната среда, Цитология, хистология и ембриология
1981 г. Биотехнология
1989 г. Лаборатория по Вирусология
2011 г. Методика на обучението по биология.

През 1976 г. факултетът е пребазиран в сградата на бившия Агрономо-лесовъден факултет, намираща се на бул. Драган Цанков 8. Зад факултета е обособено опитно поле, което се използва като експериментална база. Сградата е построена през 1928 г. с финансовата подкрепа на Фондация „Рокфелер“. Тя е дело на архитекта философ Георги Овчаров. И двете сгради, които са дом на българските биолози, са сред най-красивите в София и са обявени от Столична община за архитектурни паметници на културата с национално значение.