Медицинският факултет на Софийския университет „Св. Климент Охридски” е създаден с решение на Народното събрание за изменение на Закона за просветата от 10 ноември 1917 год., утвърдено с Указ №21 на Цар Фердинанд (ДВ бр. 266 от 29 ноември 1917 год.). За нуждите на обучението в новия факултет се предоставят сградата на Първа мъжка гимназия (ул. Дунав 2), а за клиничното обучение – Александровска болница и Майчин дом «Княгиня Мария Луиза».
Декани на Медицинския факултет на Софийски университет «Св. Климент Охридски» от основаването му до днес са били:
- проф. Стефан Петков (1917-1919)
- проф. д-р Иван Кипров (1919-1920)
- проф. д-р Тошко Петров (1920-1921, 1924-1925)
- проф. д-р Владимир Алексиев (1921-1922)
- проф. д-р Васил Моллов (1922-1923, 1936-1937)
- проф. д-р Константин Пашев (1923-1924)
- проф. д-р Атанас Теодоров (1925-1926)
- проф. д-р Богомил Берон (1926-1927)
- проф. д-р Стефан Ватев (1927-1928)
- проф. д-р Андрея Сахатчиев (1928-1929, 1935-1936, 1938-1939)
- проф. д-р Стоян Киркович (1929-1930)
- проф. д-р Александър Станишев (1930-1931, 1937-1938)
- проф. д-р Димитър Стаматов (1931-1932)
- проф. д-р Димитър Ораховац (1932-1934, 1939-1941, 1943-1945)
- проф. д-р Стоян Белинов (1934-1935)
- проф. д-р Методий Попов (1941-1942)
- проф. д-р Анастас Клисуров (1942-1943)
- проф. д-р Иван Иванов (1945-1946)
- проф. д-р Любен Попов (1946-1947)
- проф. д-р Марко Марков (1947-1950)
- проф. д-р Любомир Спасов (от 2007)
Петима от преподавателите от Медицинския факултет са били ректори на Софийски университет “Св. Климент Охридски”: проф. д-р Методий Попов (1920-1921 год.), проф. д-р Васил Моллов (1923-1924 год.) и (1934-1935 год.), проф. д-р Владимир Алексиев (1926-1927 год.), проф. д-р Стоян Киркович (1930-1931 год.) и проф. д-р Александър Станишев (1938-1939 год.).
Основоположниците и първите професори в Софийския медицински факултет са не само випускници, специализанти и докторанти, но и преподаватели в най-престижни европейски университетски клиники. Преди избора им за преподаватели в Софийския университет такива са били Владимир Алексиев (по вътрешни болести в Женева, Швейцария), Иван Кипров (по оториноларингология във Виена, Австрия), Никола Кръстников (по неврология и психиатрия в Петербург, Русия), Михаил Минев (по анатомия в Нанси, Франция), Методи Попов (по зоология и сравнителна анатомия в Мюнхен, Германия), Александър Станишев (по хирургия в Мюнхен, Германия), Димитър Каданов (по анатомия във Вюрцбург, Германия).
Първите новоизбрани редовни професори на Медицински факултет са за нуждите на преподаването по вътрешни болести – проф. д-р Васил Моллов (20 май 1918 год.) и по хирургия – проф. д-р Параскев Стоянов (10 юни 1918 год.)., а в рамките на една година след това са избрани и проф. д-р Константин Пашев (очни болести), проф. д-р Атанас Теодоров (съдебна медицина), проф. д-р Иван Кипров (ушни, носни и гърлени болести) и проф. д-р Тошко Петров (хигиена и социална медицина). Първият учебен ден на новия факултет е 10 април 1918 год., с лекции по медицинска физика и медицинска зоология. Единственият за времето си български Медицински факултет – този на Софийски университет „Св. Климент Охридски”, бързо се утвърждава и успява да създаде солидни школи във всички медицински дисциплини. Безспорна е ролята на факултета за изграждането и на цялостното успешно развитие на следващите центрове за развитие на медицината у нас - Медицинския факултет при Пловдивския университет “Паисий Хилендарски” (1945 год.) и Института за специализация и усъвършенстване на лекарите (1950 год.).
Авторитетът и професионализмът на забележителни преподаватели и учени като Асен Златаров, Асен Хаджиолов, Методи Попов, Димитър Ораховац, Владимир Марков, Стефан Ватев, Васил Моллов, Стоян Киркович, Владимир Алексиев, Парашкев Стоянов, Александър Станишев, Стоян Белинов, Константин Пашев, Богомил Берон, Любен Попов, Никола Кръстников, Тошко Петров, Димитър Каданов, Константин Чилов, Бойчо Бойчев, Марин Петров, Иван Пенчев, Петър Попхристов, Никола Шипковенски, Алекси Пухлев, Ташо Ташев и много други, изграждат солиден респект на факултета и го правят търсен партньор в международни сътрудничества и уважавано европейско висше медицинско училище.
През 1950 год. с решение на Президиума на Народното събрание Медицинският факултет се отделя от Софийски университет «Св. Климент Охридски» и се основава Медицинска академия “Вълко Червенков” (Указ № 246 от 28 януари 1950 год.), която след редица трансформации днес е Медицински университет - София (Решение на Народното събрание от 12 май 1995 год.).
По предложение на Академичния съвет на Софийски университет „Св. Климент Охридски” (Протокол № 13/25 юни 2003 год.) с Постановление на Министерския съвет № 316 от 19 декември 2003 год. в структурата на Софийския университет е възстановен Медицинският факултет.